У нас была похожая ситуация на проекте интернет-магазина авто запчастей. Написали в Яндекс так мол и так сайт не индексируется (честно говоря было подозрение, что причина кроется в каталоге подгружаемого из tecdoc, так как каталог загружался со стороннего сервера, то предположение было, что робот не видит страниц, сам заказчик по поводу каталога внятно ответить не мог, дал контакты разработчика сайта, но тот не ответил ни на одно сообщение).
В общем Платоны ответили - проблема кроется в том, что на одном IP висит более сотни хостов.Мы купили сразу выделенный IP, подождали 2 апдейта, но ситуация не изменилась.
Благо у моего компаньона возникла блестящая идея проверить сайт PW, загнали, проверили поняли причину, причина оказалась в корявейшей структуре, а именно вес страниц каталога и карточек товара слишком мал, что робот их просто не воспринимает как приоритетные и не парсит.
Сейчас принято решение о полной переделке каталога. К сожалению уважаемые коллеги ссылку на сайт дать не могу, так как работаем над этим проектом. Но если возникает проблема с индексацией сайта запомните не сдавайтесь ищите и обрящите!