Ахахаха!

Порой логика Яндекса (или же ее отсутствие) меня поражает.:)

Ну чего вы хотите от стандартизированного ответа? Это извечная проблема частных случаев. И по моему логика всё же есть в этом сообщение.

Это для тех, кто не знает, что такое robots.txt и метатеги

Гугл то же самое пишет в хелпе.
Кстати, хорошо заметно, что страница не выпадает из индекса из-за этой "фишки", если сайт был недоступен из-за простоя хостинга, например. Становится НПС, пропадает кэшированная копия, но остается в индексе благодаря ссылкам как раз.
Если надо закрыть от индексации, то решение - использовать метатег robots и директиву noindex.